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Nach dem ersten Start muss man ein “Ordnepaar” angeben. Die Ordner werden bei der Synchronisierung abgeglichen. Änderungen werden überschrieben, nicht geänderte Dateien bleiben bestehen, neue Dateien werden hinzugefügt.

Einige Optionen können noch gewählt werden:
“Synchronize” kopiert neue oder geänderte Dateien zwischen beiden Ordnern und bezieht umbenannte oder gelöschte Dateien mit ein. “Echo” kopiert neue und geänderte Dateien von “links” nach “rechts” und berücksichtigt umbenannte und gelöschte Dateien. Zu guter Letzt kopieren Sie mit Contribute neue und geänderte Dateien von “links” nach “rechts”, wobei auch umbenannte Dateien berücksichtigt werden; Löschungen werden aber ignoriert (ideal für Datensicherungen).

Um den Vorgang zu automatisieren nimmt man das “geplante Tasks Tool” von Windows hinzu:
Wählen Sie den Taskplaner über “Startmenü” / “Programme” / “Zubehör” / “Systemprogramme” und “Geplante Tasks”. Ein Klick auf “Geplanten Task hinzufügen” öffnet einen Assistenten. In der angezeigten Programmliste wählen Sie “SyncToyCmd” aus (aus dem Installationsordner), klicken auf “Weiter” und geben die gewünschte Zeit sowie Ihr Windows-Benutzerkennwort ein.
Nachdem Sie den Vorgang abgeschlossen haben, müssen Sie nur noch mit der rechten Maustaste auf den neuen Eintrag “SyncToy” klicken und im Kontextmenü “Eigenschaften” auswählen. Im Feld “Ausführen” ändern Sie das Ende des Eintrags, indem Sie noch “-R folderpair” hinzufügen (vor dem letzten Anführungszeichen!). Dadurch wird zum gewählten Zeitpunkt immer die Synchronisierung gestartet, die man durch folderpair anwählt.